Emmanuel Nunes wurde 1931 in Lissabon geboren. Er studierte Harmonielehre und Kontrapunkt an der Musikakademie Lissabon und nahm Anfang der 1960er Jahre mehrfach an den Darmstädter Ferienkursen für Neue Musik teil. 1964 zog er nach Paris und ein Jahr später nach Köln, wo er Komposition bei Henri Pousseur und Karlheinz Stockhausen, elektronische Musik bei Jaap Spek und Phonetik bei Georg Heike studierte. In den 1970er Jahren erhielt er verschiedene Stipendien und errang einige Preise wie den Premier Prix d´Esthetique Musicale am Conservatoire national supérieur de Paris. Seit den 1980er Jahren unterrichtet Nunes selbst, unter anderem an der Gulbenkian-Stiftung in Lissabon, am Konservatorium in Paris und bei den Darmstädter Ferienkursen. Von 1986 bis 1992 nahm er einen Lehrauftrag für Komposition am Institut für Neue Musik der Musikhochschule Freiburg wahr. 1991 wurde Nunes vom portugiesischen Präsidenten zum Comendador da Ordem de Santiago da Espada ernannt. 1996 erfolgte seine Ernennung zum Dr. h.c. der Université de Paris VIII. 1999 erhielt er den CIM-Preis der UNESCO, 2000 den Pessoa-Preis. Von 1992 bis 2006 war Nunes Professor für Komposition am Conservatoire national supérieur de musique de Paris. Emmanuel Nunes verstarb am 2. September 2012 in Paris.