Der Musiker wurde im Jahr 2005 mit dem SWR Jazzpreis ausgezeichnet.
Der Klarinettist und Saxofonist war bereits in den vergangenen Jahren in die engere Wahl für den SWR-Jazzpreis gekommen. In ihrer Begründung für die Auszeichnung betonte die Jury nun Gratkowskis jahrelangen Einsatz für die frei improvisierte Musik: sei es als Mitglied des "Grubenklang Orchesters" von Georg Graewe oder des Trios von Achim Kaufmann, sei es mit seinen eigenen Duo- und Trioformationen, seinem eigenen Quartett oder solistisch. "Was sich Gratkowski neben vielen ungewöhnlichen Spieltechniken bei seinen Stücken immer wieder zunutze macht, ist auch die profunde Kenntnis des zeitgenössischen Komponierens. So gelingt es dem 1963 in Hamburg geborenen und in Köln lebenden Musiker, das strukturbetonte Denken der Neuen Musik mit der Spontaneität des Free Jazz zu verknüpfen."